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大企業向け勤怠管理システム10選。カスタマイズ可能な製品は?

大企業向け勤怠管理システム10選。カスタマイズ可能な製品は?

最終更新日:2025-12-03

従業員数や管理要件が多く、毎月の勤怠管理に負担を感じている中堅・大企業の人事部門の方へ。従業員数500名以上の企業におすすめの勤怠管理システムの選び方を、「カスタマイズ性」「汎用性」の観点から紹介します。

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目次

大企業向け勤怠管理システムとは?

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤情報を自動集計し、労働時間の把握や法令への対応、有給休暇の付与といった管理業務を自動化・効率化するシステムです。長時間労働の是正や働き方改革への対応策として、企業の規模に関わらず導入が進んでいます。

勤怠管理システムは、「汎用的に使えるシステム」「特定の業界向け」など多様に存在します。本記事では、特に従業員500名以上での運用を想定したシステムを「大企業向け」と定義し、紹介します。

中小企業向け勤怠管理システムとの違い

中小企業向けの勤怠管理システムは、一般的な勤務形態を想定し、シンプルな画面や操作性を重視したものが多く、導入コストや運用負荷を抑えやすいのが特徴です。

一方、中堅・大企業では、従業員規模の大きさに伴い、勤務形態の多様化・就業規則の細分化・複数法人の同時運用など、運用要件が複雑になります。そのため、以下のような高度な管理ニーズが発生します。

  • 多様な勤務形態への柔軟対応
    (変形労働時間制・裁量労働制・テレワーク・夜勤シフトなど)
  • 複数拠点・グループ会社を横断した一元管理
    (出向元/出向先の扱い、グループ共通ルールの統一運用 など)
  • 海外拠点・外国人従業員を含むグローバル運用
    (多言語対応、国ごとの休日・残業計算、自動タイムゾーン調整)
  • ERP・人事給与システムとの強固な連携
    (勤怠データを人件費管理や評価に活用できるデータ基盤化)
  • 複雑な承認フロー・内部統制への対応
    (多段階承認、例外処理のルール化、コンプライアンス担保)

これらの声に応えるのが、大企業向けに設計された勤怠管理システムです。

大企業向けシステムの大きな特徴は、「カスタマイズ性」もしくは「汎用性」に長けていることです。システムによってカバーしている範囲は異なるので、まずは各サービスの強みを把握しましょう。

なお、規模感にとらわれず「他にもどんなシステムがあるのか知りたい」「色んな切り口で比較検討してみたい」という方は、「勤怠管理システム比較16選」をご覧ください。

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大企業が勤怠管理で抱える主な課題と解決策

勤怠管理における大企業特有の課題と、「システムを導入することで課題をどのように解消できるか」あわせて紹介します。

勤務体系の複雑化(裁量労働・シフト・変形労働)

従業員規模が大きくなるほど、勤務体系は 「日勤・夜勤のシフト」+「フレックス」+「裁量労働」+「変形労働時間制」 と多層的になります。これらをExcelや独自ルールで管理すると、以下のような問題が起きやすいのが実態です。

  • 労働時間の算定ミス
  • 部署ごとに異なるローカルルールの乱立
  • 労務管理の属人化

大企業向け勤怠管理システムは、複数制度の並行運用に耐えられる柔軟性を持ち、複雑な人事制度にもカスタマイズで対応可能。ルールをシステムに落とし込めるため、労務リスクが大幅に低減します。

多拠点・グループ横断管理

全国に支店・営業所・工場が点在する大企業では拠点ごとの運用差異が生まれやすく、従来のアナログな管理法ではリアルタイムでの状況把握が困難です。しかし、大企業向けシステムであれば、以下のような運用が可能です。

  • 全拠点の勤怠データを一元化
  • 本社からリアルタイムで可視化
  • 共通ルールに基づく統制の強化

結果として、モニタリングの効率化、ヒューマンエラーの削減、コンプライアンス遵守につながります。迅速な経営判断にも貢献します。。

法改正対応(働き方改革・時間外上限)

大企業ほど、部署や職種によって勤務形態が異なるため、労働時間の客観的把握義務への対応は難しくなります。紙やExcel管理では正確な集計やアラートが難しく、法違反リスクを見逃しかねません。大企業向けの勤怠管理システムなら以下のような機能が標準搭載されているため、労基法対応を担保できます。

  • 打刻データの自動収集
  • 月60時間超などのアラート通知
  • 有給休暇取得状況の自動可視化

クラウド型であれば、法改正へのアップデートは自動反映されるため、担当者が常に最新法規制を追いかける負担も軽減します。

ERP連携・人事データ活用

大企業では、勤怠データが給与計算・評価・人件費管理などへ広く波及します。しかし、基幹業務システム(ERP)との互換性が低いと、「データ分析スキルが不足」「部門間でデータ形式がバラバラ」などの問題も起こりがち。カスタマイズが面倒で、データ活用が進まないケースが多く見られます。

大企業向け勤怠管理システムは、以下のような体制が整っており、「運用の属人化」「データのサイロ化」を解消できます。

  • API/CSV など多様な連携方式
  • シリーズ製品間のノンカスタム連携(勤怠→給与→人事)
  • 専門コンサルによる導入・定着支援

海外拠点・外国人労働者対応

海外に拠点を持つ、または外国人労働者を多数採用している企業も多いでしょう。その場合は「言葉の壁」「国ごとの祝日や休暇」「時差」といった文化的な課題に加え、「不正打刻の防止」「規則に則った従業員の情報保護」「本社システムの連携」のような、運用・連携における課題も懸案事項です。

その点、大企業向けシステムなら、標準で以下のような運用が可能。

  • 多言語UI(従業員レベルでの切り替え)
  • 国ごとの休暇・残業計算ルールの自動反映
  • 生体認証などノンバーバルな打刻に対応
  • 本社でのリアルタイム管理

海外拠点も含めたグローバルな統制が実現します。個人情報保護法や各国のデータ規制にも対応した仕組みにも対応しているため、海外との人事データ連携もセキュアに運用できます。

 

どのようなカスタマイズ対応ができるか?

上記のような課題に関して、大企業向け勤怠管理システムではどのようなカスタマイズができるのか、「キンタイミライ」を参考に具体例をご紹介します。

カスタマイズ例 概要
月間変形労働制の管理 日・週単位で所定時間が異なる複雑な勤務形態に対応し、シフト作成から給与に関わる時間数の計算まで厳密な管理を実現。
それぞれの所定時間数に基づく残業計算はもちろん、シフト変更があった際も、月初に確定させた予定で残業計算を行い、「従業員の不利益」が発生しないように徹底する
外国人留学生の労働時間管理 外国人留学生のアルバイトは日本の在留資格で週28時間までと定められている。
「どの期間で7日を区切っても、28時間を超えてはいけない」という難しい要件に応えるため、システムが自動で勤務時間を計測し、超過を未然に防ぐアラート機能を実装
勤務間インターバルの管理 シフト作成時点で、一定の休息期間が確保されているかを確認。退勤時に翌日の出勤予定時刻までのインターバルが不十分な場合は、注意喚起を行う
独自手当への対応 残業手当、休日出勤手当といった法律上の手当のほか、企業独自の手当も任意に設定可能。
「雨の日手当」「お正月手当」「着物手当」など、ユニークな手当の自動集計に対応した事例も
更衣時間の管理 就業規則などで制服着用を義務付けている場合には、更衣時間も勤務時間に含めて集計
複数時給 土日祝、年末年始などの加給や、時間帯ごとに異なる時給計算に対応。残業代も加給に基づき自動計算する
お弁当の注文 出勤した際に、打刻と合わせてお弁当を注文できる。注文内容は一覧で表示し、スムーズな発注フローを確立する

 

大企業向け勤怠管理システムのタイプと選び方

大企業向け勤怠管理システムは、「大企業向けに特化したカスタマイズ対応型」「様々な規模に対応する標準機能利用型」の2タイプに大別できます。前者は自社のルールに合わせたカスタマイズがしやすく、後者は企業グループ全体の一元管理がしやすいという利点があります。

(1)大企業向けに特化したカスタマイズ対応型

従業員500名以上の中堅・大企業向けに特化し、拡張性・柔軟性の高さに強みを持つタイプです。中堅・大企業への導入実績が豊富で、それらの企業から寄せられる様々な要望を実現するため、カスタマイズの対応範囲が広い傾向にあります。

たとえば「TimePro-VG」は、クラウド・オンプレの両方に対応。加えて、看護・介護休暇時間の取得といった多様な働き方への対応や、勤務間インターバルの設定が可能です。専任スタッフによるカスタマイズサポートが受けられるため、自社にシステム開発のノウハウがなくても、業務に合わせた導入が行えます。

運用コストを抑えたい企業向けに、開発を伴わない細やかなカスタマイズに対応しているクラウドサービスもあります。社会の変化に備え、システムにあらかじめ拡張性を持たせておきたい場合におすすめです。

一例である「リシテア 勤怠管理ソリューション」は、システムの構成要件をパラメーターで調整できます。4,000以上の選択肢を標準で実装しているため、運用に合わせた細やかなメンテナンスが可能。その上で新規開発が必要な場合は、カスタマイズにも対応しています。

「WiMS/SaaS 勤務管理システム」も豊富な標準機能に加え、様々なワークスタイルに合わせたカスタマイズに対応。各社ERPとの連携で、自社の勤怠管理システムを柔軟にデザインできます。

カスタマイズ前提ではなく、なるべく標準機能で実現できるよう、豊富な機能を持ったシステムも。 “ノーカスタマイズ”をコンセプトとした「COMPANY」シリーズの勤怠管理システムでは、打刻・集計、シフト作成、休暇管理、給与連携など、勤怠管理に必要な機能を網羅しています。

(2)様々な規模に対応する標準機能利用型

中小企業から中堅・大企業まで、様々な規模の企業で利用されているタイプ。幅広い企業に対応できるよう、機能ごとに様々な運用規模を想定しており、カスタマイズを最小限に抑えられます。

データ項目の追加が必要な場合も、画面上の設定から柔軟に対応可能。中小から大企業まで同じUIかつ異なる設定で扱えるメリットを活かし、企業グループ全体の一元管理にも役立てられます。

たとえば「KING OF TIME」では、予実管理機能や入社年度の有給付与日、所属グループの設定などが画面上で行えます。「奉行Edge 勤怠管理クラウド」は、複雑な勤務体系を設定できる上で、自社のルールに沿った休日・休暇を自由に作成可能です。

「freee人事労務」も、シンプルなUIで直感的な操作が可能。従業員情報の一元管理や、複雑な勤務体系・手当設定にも対応しています。

上記はあくまでもタイプ分けの目安であり、たとえば標準機能を充実させたカスタマイズ対応型のシステムがあるなど、個々の製品の強みは異なります。製品ごとの特徴は、以降のタイプ別システム紹介を参考にしてください。

 

主な大企業向け勤怠管理システム(大企業向けに特化)

まずは、大企業向けに特化したカスタマイズ対応タイプのシステムからご紹介します。

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キンタイミライ(株式会社ネオレックス)

キンタイミライ公式Webサイト

(出所:キンタイミライ公式Webサイト)

カスタマイズ性の高さと現場目線のコンサルティングによって、企業の様々なニーズに対応する大規模法人向け勤怠管理システム。集計・打刻や休日・休暇管理といった基本機能はもちろん、勤務間インターバルの管理や外国人留学生の28時間管理、社食の管理、応援手当といった、各業界特有の機能も実装できる。iPadで簡単に勤怠の打刻・申請ができ、人事と現場とのコミュニケーションツールとしても活用されている。
専任コンサルタントが導入からプロトタイプの開発、運用まで丁寧にサポート。導入から6カ月の段階であれば、システムの修正も請け負っている。

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リシテア 勤怠管理ソリューション(株式会社日立ソリューションズ)

リシテア 勤怠管理ソリューション公式Webサイト

(出所:リシテア 勤怠管理ソリューション公式Webサイト)

オンプレ、クラウドに対応し、数十万人規模の企業でも安定稼働するパフォーマンスと運用体制が強みの勤怠管理システム。4,000以上のパラメーターを標準実装し、アドオン・モジュールの追加も容易など、法改正や社会の変化にも素早く対処できる自由度の高さが特徴。導入時のカスタマイズと継続的なサービス改善で、企業のニーズに合わせたシステムを構築する。
PC、カード、スマホなど幅広い打刻方式に対応しており、代行入力も設定可能。管理画面及び個人のホーム画面では、グラフなどで情報がわかりやすく整理されており、休暇日数や残業時間などがひと目で把握できる。各従業員による自主管理を促進しながら、フォロー対象者への一括メール通知により、人事部門の負担軽減にも貢献する。

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WiMS/SaaS勤務管理システム(株式会社ソリューション・アンド・テクノロジー)

WiMS/SaaS勤務管理システム公式Webサイト

(出所:WiMS/SaaS勤務管理システム公式Webサイト)

中堅・大企業から広く支持されている、WiMSシリーズのSaaS型勤務管理システム。グループごとに異なる勤務パターンを設定できるほか、過重労働を防止するアラート通知や36協定時間のチェック機能を備え、1,000名以上の大規模な組織でも効率的な勤怠管理が可能。
出退勤時間の管理、休暇・残業の申請及び承認ワークフローの設定、シフト管理、プロジェクト工数管理などを標準機能として搭載。企業独自の要件に応じたカスタマイズにも対応するほか、グループ会社の横断管理や多言語対応、各種ERPとの連携などの機能によって、労務管理全般を効率化する。
業務内容と時間を可視化する予実績管理機能も強みの一つ。36協定時間のチェックをはじめ、迅速かつ適切なリスクマネジメントを行える。

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COMPANY(株式会社Works Human Intelligence)

COMPANY公式Webサイト

(出所:COMPANY公式Webサイト)

豊富な機能で“ノーカスタマイズ=追加コストの必要なし”をコンセプトに掲げる、同ERPシリーズの勤怠管理システム。ICカードやモバイル端末といった幅広い打刻方法に対応しており、従業員にとっての利便性が高い。加えて、店舗のシフト作成や工場の交代勤務、工数管理などのマネジメント機能も完備。グループ会社ごとに制度が異なる場合や、業種に特有の働き方を採用している場合にも一貫した対応が可能だ。
直感的に勤務状況を把握できる勤怠ダッシュボードをはじめ、従業員の長時間労働を抑制する機能も充実。要注意の従業員は「サマリ」として集約され、個人別・部門別の労働時間推移から問題の原因分析と把握をサポートするなど、労働環境の根本改善に寄与する。

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TIME-3X(三井E&Sシステム技研株式会社)

TIME-3X公式Webサイト

(出所:TIME-3X公式Webサイト)

大企業を中心に、豊富な導入実績を持つ出退勤管理システム。シンプルなデザインのポータルページに、勤務時間や休暇日数、打刻と実労働時間の予実状況といった情報を集約。マルチデバイス対応による情報へのつながりやすさで、各従業員の勤怠意識を向上させる。
勤務形態は個人別に設定でき、複数の勤務パターンが混在する現場のシフトもシステム上で手間なく作成できる。有給休暇など各種申請は諸届/日次/月次と目的別に分類され、一度にまとめての申請も可能。管理側は必要に応じて権限を移譲できるので、長期出張や休暇の際にも承認フローをスムーズに運用できる。

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主な大企業向け勤怠管理システム(様々な規模に対応)

続いて、様々な規模の企業で利用されている標準機能利用タイプを紹介します。

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KING OF TIME(株式会社ヒューマンテクノロジーズ)

KING OF TIME公式Webサイト

(出所:KING OF TIME公式Webサイト)

豊富な機能とシンプルな画面構成で、420万人以上が利用している勤怠管理システム。勤怠管理から人事労務、給与計算、年末調整、データ分析、システムログまで、充実の機能を月額300円のワンプライスで利用できる。打刻手段の幅広さは業界有数で、PCやスマホはもちろん、生体認証やICカード、入退室打刻などの組み合わせで正確な実績報告を実現。英語設定、タイムゾーン設定もでき、海外拠点での運用にも対応している。
勤務体系などの基本設定やスケジュール管理設定は、画面上で自由に組み合わせられ、システムの開発は不要。API連携で会社の規模や採用システムに応じた機能拡張も行いやすく、グループ会社ごとに柔軟な運用をしたい場合に役立つ。

  • 料金:月額300円/名、初期費用なし

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TimePro-VG(アマノ株式会社)

TimePro-VG公式Webサイト

(出所:TimePro-VG公式Webサイト)

中堅〜大手企業を中心に、シリーズ累計20,000社に導入されている勤怠管理システム。時間外上限規制管理や月間変形労働制への対応、勤務間インターバルの管理など、一定以上の規模の企業で必要な機能を多数搭載している。
日々の勤怠データをもとに、残業の上限超過や有給休暇の取得不足といった労務リスクを自動検知し、上長や本人へ事前にアラート通知。未承認の申請を含む見込みデータに基づく予測計算にも対応し、従業員への声掛けによる法令違反の未然防止や、業務調整による残業の解消などに迅速に対応できる。
労務データをグラフでわかりやすく可視化できる分析機能も搭載。残業時間の超過者や全国の部門ごとの改善率などを一目で確認できるため、労働環境改善に向けて全社で取り組みやすい。

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MITERAS勤怠(パーソルビジネスプロセスデザイン株式会社)

MITERAS勤怠公式Webサイト

(出所:MITERAS勤怠公式Webサイト)

工数管理やシフト管理といった多彩な機能を備え、企業の労務管理をサポートする勤怠管理システム。勤怠の内訳として作業工数を入力することで、プロジェクトやタスクごとの作業時間を可視化。同社シリーズ「MITERAS仕事可視化」と連携すれば、PCログと勤怠の乖離もチェックでき、勤務実績を適正に把握できる。
シフト管理機能では、従業員ごとの労働可能日時や職位・資格、日別の最低必要人数を設定できるなど、企業独自のルールに柔軟に対応可能。入退社時の従業員のコンディションを入力・分析できる機能も搭載している。
各種基幹システムとのAPI連携に対応しており、大規模な組織での運用にも適している。佐川グローバルロジスティクスといった、従業員約8,000人規模の大手企業での導入実績もあり。

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freee人事労務(フリー株式会社)

freee人事労務公式Webサイト

(出所:freee人事労務公式Webサイト)

従業員規模を問わず、多様な人事労務ニーズに対応する勤怠管理システム。複雑な就業規則や独自の制度に合わせたカスタマイズが可能で、たとえば「月間変形労働制の管理」「外国人留学生の労働時間管理」「勤務間インターバルの管理」といった、大企業特有のニーズに応える。「独自手当への対応」として、「雨の日手当」や「お正月手当」「着物手当」など、ユニークな手当の自動集計に対応した事例も。
API連携を通じた他システムとの統合も可能。大企業における人事労務業務の効率化と正確性の向上、コンプライアンス強化を実現する。
勤怠管理単体のプランから、給与計算機能付きの有料プラン全4種まで提供。最少利用人数はいずれも5名から。

  • 料金:月額5,200円/5名まで(スタンダードプランの場合)、初期費用なし

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TeamSpirit勤怠(株式会社チームスピリット)

TeamSpirit勤怠公式Webサイト

(出所:TeamSpirit勤怠公式Webサイト)

汎用性の高さで大企業のクラウドシフトを後押しする勤怠管理システム。固定労働制、フレックスタイム制、裁量労働制、変形労働制と多様な勤務体系に対応し、Excelライクな計算式で集計作業を行える。CSV取り込みに対応した給与計算ソフトと連携すれば、勤怠管理業務の大幅な効率化を実現できる。
長時間労働のアラートや有給取得状況の一覧化など、働き方改革に対応した機能も搭載。同シリーズ製品の「TeamSpirit工数」や「TeamSpirit経費」と組み合わせれば、バックオフィス業務をまるごと一元化でき、管理者の負担軽減にもつながる。Salesforce上で使えるアプリとして労働データとSFAの連動が図れる一方、Salesforceを使っていない起業でも快適に利用できる。

  • 料金:月額24,000円〜、初期費用は要問い合わせ

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奉行Edge 勤怠管理クラウド(株式会社オービックビジネスコンサルタント)

奉行Edge 勤怠管理クラウド公式Webサイト

(出所:奉行Edge 勤怠管理クラウド公式Webサイト)

累計82万社の導入実績を持つ「奉行クラウド」シリーズの勤怠管理サービス。打刻から帳票作成まで、勤怠管理業務のプロセスをすべてデジタル化し、担当者の負担を大幅に軽減。変化する働き方や法令にも迅速に対応する。
Web、スマホ、ICカード、生体認証と幅広い打刻手段に対応。休暇・残業などの各種申請はいつでもどこでも簡単に提出でき、管理者にメール通知されるので抜け漏れが起こりにくい。企業独自の介護・看護休暇やリフレッシュ休暇も任意に設定でき、大企業のコンプライアンス遵守を強力にサポートする。

  • 料金:月額11,800円/21名(担当者ライセンス含む)、初期費用なし

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まとめ

従業員の出退勤情報を自動集計し、労働時間の把握や法令への対応、有給休暇の付与といった管理業務を自動化・効率化する「勤怠管理システム」。その中でも、特に従業員500名以上での企業による運用を想定したシステムを「大企業向け」と定義し、ご紹介しました。

シンプルさ、使いやすさを重視する傾向にある中小企業向けのシステムに対し、中堅・大企業向けのシステムでは複雑な雇用形態や勤務体系に対応し、就業規則の細分化や複数のグループ会社での同時運用といった条件をクリアできるよう、柔軟な設定が可能なのが特徴です。

導入企業の要望に応えるための標準機能が充実しているので、カスタマイズせずともカバーできる範囲が広いのも大企業向けならではの特徴。開発コスト・期間を最低限に抑えられるというメリットも期待できます。

勤怠情報が可視化されることで、現場レベルでも働き方への意識が高まり、長時間労働の是正につながります。ワークライフバランスが取れていれば、従業員のモチベーションアップや優秀な人材の採用も期待できるでしょう。より良い企業経営のためにも、大企業向け勤怠管理システムの導入を検討してみてください。

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インタビューやサービス詳細はこちら

キンタイミライ(旧:バイバイ タイムカード)|インタビュー掲載

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WiMS/SaaS勤務管理システム|インタビュー掲載

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株式会社Works Human Intelligence

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導入企業65,000社以上。充実の人事給与機能も備えた、市場シェアNO.1のクラウド勤怠システム。規模・業種に関係なく、オフィス、店舗、在宅勤務、外出先など、あ...

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